施明德（左）今批評政府活摘跨性別者器官。（攝影：王顥中）民進黨前主席施明德在今天（12/10）世界人權日偕同數名跨性別者召開記者會，控訴內政部要求先動手術始得變更性別登記，剝奪跨性別者的人性尊嚴且侵犯人權，形同「活摘器官」，要求內政部撤銷目前強制手術的規定。施明德妻子陳嘉君表示，內政部2008年的行政命令（內授中戶字第0970066240號），規定變更性別登記必須「活摘器官」，至今已導致超過四百位跨性別者，為了申請符合自己認同的性別登記，面臨不可逆的絕育手術。陳嘉君呼籲政府立即停止「活摘器官」，要求內政部等權責單位立即改正，撤銷該行政命令。
施明德稱該命令之規定顯示國家「殘忍、殘酷、不人道」，是國家用命令執行「酷刑」，竟然用一紙公文，就要摘除人與生俱來的器官，為了領得政府發給的文件，男的要割除陰莖睪丸、女的切除子宮卵巢，直言「領一個文件竟然要遭受這樣殘忍的對待！」施明德說，跨性別在社會上是極少數，但也是上帝的傑作，台灣在2009年已簽署兩公約，效力形同國內法，性別認同屬於人權與人格尊嚴，應受保障，國家不應以公權力剝奪侵害。
衛福部去年（2013）底曾邀集性別團體與相關專家召開會議，做出「性別變更登記不需要醫療認定的要件」的結論，性別不明關懷協會秘書長葉若瑛表示，媒體曾以〈性別變更鬆綁 未來不需動刀〉為題刊登新聞頭版，曾讓許多跨性別朋友雀躍不已，但因為內政部的恐同，事情後來就沒下文。本身是男跨女的葉若瑛激動表示，身分證性別欄位的「男」讓她非常不舒服，也在生活中帶來許多不便，看病領藥遭質疑、甚至降低求職成功率、影響工作權。同為男跨女的吳芷儀也表示，當自己的性別與身分證上的性別欄不符合時，造成很多不必要麻煩，行政命令規定改身分必須強制手術，但手術沒有健保補助、費用高昂，又可能有後遺症，一般人根本負擔不起，質疑「政府不敢對強暴犯實施化學去勢，卻要無辜的跨性別者強制手術？」
2008年底內政部發佈行政命令，變更性別變更登記認定要件，必須完成摘除性器官（乳房、子宮、卵巢／陰莖、睪丸）手術，並持有手術完成診斷書。然而，這紙如今遭批評為「活摘器官」的命令，回顧當時的歷史脈絡，其實是在跨性別團體爭取下內政部退讓放寬的成果。跨性別倡議站陳薇真在〈當「一男一女」遇上「變更性別」〉當中即曾經如此回顧：
簡言之，若將變更性別的醫療手術粗略區分為兩階段：第一階段為摘除原生殖器官、第二階段為重建目標性別之生殖器外觀。由於重建生殖器的健康風險成本過高，因此當年運動才會爭取完成一階段即可登記變更性別。換句話說，在尚未有更友善、自由的性別變更法令出爐，而內政部或衛福部也未作出新的決議時，貿然撤銷2008年的行政命令，很可能會使跨性別者落入更艱困的處境（也就是回到該命令發佈前的狀況）。
同為跨性別團體的台灣TG蝶園發言人高旭寬指出，在2007年之前，台灣並沒有明確的變性醫療準則，內政部也只有粗略流程，早期常透過個別醫院或外科醫師開立模糊的手術完成診斷書，讓跨性別者僅作摘除手術就完成性別變更。因此，台灣的性別變更登記，實務上一直都是以「摘除」為主，不將「重建」陰莖或陰道視為必要條件。直到2007年，戶政機關察覺到診斷書的模糊空間，發文給內政部，後來才明確規定須完成「摘除」和「重建」，因而引起跨性別社群的恐慌與倡議，要求限縮手術範圍。
高旭寬表示，2008年明文修改的手術範圍，其實是當時的跨性別社群經過充分討論、反映廣大跨性別主體意志的集體訴求，也是根據過去長期累積的具體醫療問題所提出的改革，是先有實質運作，才浮上檯面的修法行動，因此不該去脈絡地單從條文內容將運動成果汙名化為酷刑條款。此外，高旭寬認為，真正問題在於「強制」而非「手術」，每個人應該都可以在戶政單位「無條件」申請更改性別，不應以生理器官為依據；但「變性手術」仍是許多跨性別者在既有二元性別制度裡的喘息空隙，不該用聳動語言窄化成「活摘器官」或者「酷刑」。