根據美國布朗大學《戰爭成本》（Costs of War）計畫，美國納稅人支付在阿富汗戰爭的金額，已經超過2.2億兆美元。傷亡人數方面，美軍有2,300人死亡、20,660人受傷。然而，與阿富汗死傷相比，這些數字相形見絀。截至2019年，阿富汗軍方與警察死亡人數，已達64,100人。
漫長戰爭已直接導致7萬人死亡——超過四成是女性與孩童，該數字尚未包括因疾病、缺乏食物、飲水與基礎建設而喪生的人數。自2009年起，聯合國駐阿富汗救援團開始系統性紀錄平民傷亡，已有111,000人死於戰爭。
然而，真實的阿富汗平民死傷人數，可能遠高於聯合國統計。原因是歐巴馬政府時期秘密更改交戰守則，空襲區內所有18至65歲男性都可能是「敵方戰鬥人員」（根據《紐約時報》報導，美國反恐行動的邏輯是：任何位於恐怖分子行動區域內的人都是壞人），此舉讓美軍大幅淡化阿富汗平民死傷人數。
2017年，川普政府利用無人機在阿富汗丟下「炸彈之母」GBU－43／B大型空爆炸彈，這是美國軍火庫內最大的非核武炸彈，爆炸範圍高達直徑一公里。位於轟炸區域內的居民罹患呼吸道疾病，嬰兒出生時畸形，農作物大量死亡。
戰爭暴力讓阿富汗成為全球最大的難民輸出國之一。阿富汗境內流離失所的人民就高達250萬人。有270萬人逃離阿富汗，是同樣飽受戰爭所苦的敘利亞之外最大的難民國。
阿富汗戰爭的成本體現在金錢與死傷人數，暴力遺緒則可見於各種反恐機構與制度。美國成立關達那摩灣監獄，在未經審判、定罪的情況下，非法監禁「疑似恐怖份子」。在英國，警察與邊境人員被授權恣意拘留人民長達14天而且無需任何合理理由。
2003年，英國工黨提出「預防戰略」，要求學校、醫院與地方當局將可疑人士提交警察評估，希望阻止民眾「基進化」成為「恐怖份子」或「極端人士」。預防戰略實施前五年，九成的被提交者是穆斯林。在英國，巴基斯坦遊客被攔下、居留的機率是白人遊客的50倍。制度化的伊斯蘭恐懼症是反恐戰爭的產物，也是針對穆斯林的仇恨犯罪的驅力。