過去一年來民間常聽到一種批評，指《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》（下簡稱 COVID-19 條例）第 7 條，已成為凌駕一切法律的惡法，甚至指責立法院通過特別條例，創造了防疫指揮官這隻怪獸，並主張應改用緊急命令制度。
提說這類批評的論者眾多，例如憲法律師李念祖曾質疑，全國三級警戒沒有準確法規名稱，莫非是引用《COVID-19 條例》第 7 條；成大法律教授許澤天說，靠第 7 條政府就可以發布各級別警戒標準，缺乏事後國會監督，跟德國比差多了，還舉例德國寫了 76 頁制定理由來論證防疫措施法規；前通傳會委員翁曉玲則指出，第 7 條創造了中央指揮官的授權，長時間的緊急狀態，立法、司法單位都難以監督。
人權團體也曾質疑居家檢疫、居家隔離搭配手機追蹤，踰越《傳染病防治法》第 48、58 條所授權的手段；高中（以下）及醫事人員出國禁令，時而說依據特別條例、時而又說依據《傳染病防治法》，且公布出國者姓名雖有法源卻可能違反比例原則。
然而，儘管指揮中心自成立以來，確實有很多違法侵權的疑慮，但上述批評卻仍存在不少錯誤，因為各級警戒標準引用的並不是《COVID-19 條例》第 7 條，在法律方面，官方曾表明過立場：第 7 條並非凌駕一切的「特別法」。至於高中（以下）、至去年（2020）6 月底結束的醫療人員出國禁令，其實是錯誤適用法律的問題。《COVID-19 條例》第 7 條是檢疫的補充規定，《傳染病防治法》第 58 條才具體規定了出入國（境）的檢疫事項，指揮中心適用《COVID-19 條例》第 7 條，應屬違法。依據《傳染病防治法》第 58 條第 1 項第 5 款，能夠禁止出境的對象，只有未治癒的確診者而已。至於被罵最多的《COVID-19 條例》第 7 條，檢視主要的防疫措施，反倒幾乎都沒有明令引用。
主要防疫措施 未引用特別條例第 7 條
有關防疫措施的違法爭議，從5月中指揮中心公告第二級、第三級警戒後，再臨討論高潮。很清楚的是，指揮中心向來引用的是《傳染病防治法》第 36 條、第 37 條第 1 項第 1 款、第 2 款及第 6 款，而非《COVID-19 條例》第 7 條。
《傳染病防治法》和《COVID-19 條例》都規範了諸多防疫、檢疫措施。在法學緒論中，如果多個規定之間涉及的事項完全重疊，但有寬鬆嚴格之別，就要用「特別關係」或「補充關係」來決定能用的是哪個條文──一旦選錯就是違法。
根據《中央法規標準法》第16條：「法規對其他法規所規定之同一事項而為特別之規定者，應優先適用之。其他法規修正後，仍應優先適用。」這就是特別法優於普通法；至於基本法優於補充法，許玉秀大法官在釋字 665 號部分不同意見書中曾有精闢闡釋：「補充規定可以分為明示的補充規定和默示的補充規定。法律明文規定，如無其他規定則適用本規定，即屬於明示的補充規定，其他的規定是應優先適用的基本規定，也就是優位規定。默示的補充規定，則是存在於概括規定和具體規定之間。此時基本規定是具體規定，補充規定是概括規定。因為具體規定對於所適用事實的描述較為特定明確，所以優先適用，概括規定則涵蓋較廣，因此在特定事實不能適用具體規定時，概括規定可以補充適用，以避免產生法律適用上的漏洞。」
我們先看《COVID-19 條例》中有沒有明說自己是特別法（像 SARS 暫行條例第 1 條後段那樣）？沒有，雖然在立法理由欄有寫，但這並非條文，沒有法律效力。
明示沒有，那默示呢？《傳染病防治法》諸多條文規範一般民眾防檢疫、公告管制特定活動、居家／集中的檢疫／隔離、入出境人流貨物管理…，例如構成要件「傳染病發生或有發生之虞時」、「對於傳染病病人」、「曾與傳染病病人接觸或疑似被傳染者」、「對於入、出國（境）人員」；法律效果「檢查、治療、預防接種或其他防疫、檢疫措施」、「…政府機關公告之防疫措施」、「…依指示於隔離病房內接受治療…」、「…令遷入指定之處所檢查…」、「…採行居家檢疫、集中檢疫、隔離治療或其他必要措施…」（第 36、37、44、45、48、58 條）。這與《COVID-19 條例》第 7 條：「中央流行疫情指揮中心指揮官為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處置或措施」相較，何者具體、何者概括，一目了然。指揮中心也不是《COVID-19 特別條例》立法之後才有的制度，2004 年就已經把許多《SARS 暫行條例》規定的緊急措施納入《傳染病防治法》，並授權指揮中心為此權限。
上述說法為官方所承認，2020 年 3 月 19 日行政院會上，衛福部長陳時中說，有其他具體條文可用引用，就不會用《特別條例》第7條；院會後記者會上政務委員羅秉成則說，《傳染病防治法》、《災害防救法》及《COVID-19 條例》共構一個體系，必要的應變處置《災害防救法》31 項第 1 條 11 款也有，會看哪個條文更具體而優先適用。
公民社會對防疫措施違法的失語困境
前述通傳會前委員翁曉玲，過去曾處理過二中案、三中案媒體購併，理應有高度法律素養，但在此次防疫法治爭議上，翁曉玲連《傳染病防治法》第 17 條都看不完，還誤以為是《COVID-19 條例》創造了指揮官制度！許澤天可以拜讀長達 76 頁的德國法規命令理由（還不是條文本身），大讚外國月亮比較圓；卻找不到撰文當時，我國還未停止適用的 7 頁警戒標準公告？
防疫措施法治爭議其實並不複雜，說到底就是「法律適用關係」：有沒有用對法條和「法律保留原則」：有沒有法條管這件事。兩者皆屬基礎法學觀念。但為何此次在有關討論上，民間的卻始終提不出有利批評論據？這顯非法學困難，背後更大的伏流，是因為此刻的防疫已不只是防疫，而是「民主防疫」。
還記得去年，官方仍相當堅持「武漢肺炎」用語，與美國前總統川普站在同一陣線。官方頻發打擊「假新聞」、防止境外勢力資訊戰的圖卡，並大力宣傳美台、日台、立陶宛台間互贈防疫物資，展現同屬民主陣營，相挺力抗中國病毒的旗幟。
指揮中心把政府與業者的關係，當成了內部下屬關係，各級警戒的一般處分，轉授權其他部會制定沒有法律依據的指引，要求沒有法律管制的事項要先經過申請、要求業者監控員工篩檢、要求填寫檢核表供查核，就沒有問題。因為在民主防疫的陣營當中，全民都要共抗中國病毒。法律，是用來對付那些違規導致防疫破口的、散佈境外假訊息的，乃至於任何與中國同謀，導致全台「陪同坐牢」的人。防疫政策已不是的健康問題，防疫禁令也不是生計問題，為了保台抗中，大多數善良配合防疫的台灣人，不會去計較法律保障。
不得不說，台灣人權促進實在令人欽佩，一直堅守常態法治標準。在苗栗移工防疫議題上打了漂亮的一仗，讓指揮中心函文承認：苗栗移工禁足令不符中央指示因而無效。儘管極權指揮官未必是個好制度，台權會也未對中央指令照單全收，但冷靜清晰盤點現行法律，用工具理性達成目標，同時不失目的理性，實是當前所謂民主防疫下的一盞微弱明光。
或許，執政當局成功的論述建構，已悄然在你我心中畫下一條線，自然而然認為配合防疫才是「自己人」，在自己人的群我關係建構下，沒有法律保障。或著這才是被國族論述馴化的公民社會，自認活在《COVID-19 條例》第 7 條陰影下的潛伏因素。防疫本身既然已經是民主，就不敢再要求政權以法治自證民主，第 7 條只是這種心理狀態的人，尋覓的外在依託罷了！